Podjetje INEA je ustanovil februarja 1987 Institut Jožef Stefan (IJS). Podjetje je bilo ustanovljeno kot eden od Institutskih projektov za vzpodbujanje prenosa in uporabe raziskovalnih dosežkov Instituta na področjih vodenja internih energetskih sistemov in industrijskih procesov. Podjetje je zaposlilo sodelavce Instituta, ki so prešli skupaj z razvitimi programi v novo organizacijo. Jedro starejših sodelavcev je že v poznih sedemdesetih tvorilo na Institutu v okviru Odseka za reaktorsko tehniko skupino, ki je bila od vsega začetka odgovorna za začetek in zgodnji tržni razvoj programov.

Skupina sodelavcev Inee ima tako reference in tržne izkušnje že od leta 1979. INEA je bila ustanovljena z namenom, da bi trajno delovala kot partner Instituta na področju vodenja industrijskih procesov in industrijske energetike. Od junija 1991 je podjetje v zasebni lasti.

Sedanji program delovanja podjetja bistveno presega prvotne specifijacije. Obseg poslovanja se hitro povečuje in danes je INEA vodilno podjetje v Sloveniji na področju industrijske avtomatizacije, računalniškega vodenja procesov in proizvodne informatike. Ima tudi vodilno pozicijo na področju industrijske energetike.